到了元朝，由于寺院住持惠信负责修葺，使寺院得以恢复。但元末的战乱，又使玄中寺化为灰烬。明、清两代，虽进行过修建，但均未达到以前兴盛时的规模。民国年间，由于军阀割据，连年混战，再加上美、英、法、日等帝国主义国家的侵掠，玄中寺的命运一天不如一天，历史上一座名刹也未能逃脱被毁的命运。

玄中寺获得新生，那是在新中国成立后。从五十年代起，各级人民政府拨出专款对玄中寺进行大规模的修缮，不仅重建了大雄宝殿、七佛殿、千佛阁等主殿，还修建了祖师堂、禅堂院等建筑。
重修后的玄中寺面貌一新，佛殿雄峙，禅堂栉比，神像或庄严，或慈祥，或威武，姿态各异，栩栩如生。但寺内更值得一看的东西，当推历代碑刻了。这里有北魏、北齐和隋朝的造像碑，唐朝的戒坛碑、寺庄山林四至碑。石壁寺铁弥勒像颂碑。此外，还有宋、元、明、清的碑刻数十座。这些上至北魏，下至明、清时期的碑刻，不仅是一批艺术珍品，而且也是一批不可多得的历史文献。这里的碑文不仅记述了玄中寺的兴衰历史，同时也为研究中国的佛教史，特别是研究净土宗的历史，提供了宝贵的资料。